Identyfikacja białek

Identyfikacja białek metodą LC-MS/MS bottom-up (mapowanie peptydowe)

Szukasz precyzyjnej i rzetelnej metody identyfikacji białek? Oferujemy kompleksowe analizy proteomiczne LC-MS/MS typu bottom-up, obejmujące mapowanie peptydowe (peptide mapping) umożliwiające dokładne określenie składu białkowego oraz detekcję modyfikacji potranslacyjnych w próbkach biologicznych. Nasze podejście opiera się na niecelowanej analizie proteomicznej (shotgun proteomics), która pozwala na szerokie profilowanie zawartości białek w materiale badanym – od prostych roztworów po złożone matryce biologiczne.

Na czym polega metoda bottom-up?

Metoda bottom-up to powszechnie stosowane podejście, polegające na enzymatycznym trawieniu białek (najczęściej z użyciem trypsyny), a następnie analizie uzyskanych peptydów przy użyciu spektrometrii masowej LC-MS/MS. Dane eksperymentalne (widma MS/MS) są dopasowywane do sekwencji białkowych zapisanych w renomowanych bazach danych, takich jak UniProt czy NCBI.

W zaawansowanych badaniach gdzie pewność składu aminokwasowego białka jest kluczowa stosujemy bogatą fragmentację EAD (Electron-Activated Dissociation), dzięki wykorzystaniu zaawansowanej aparatury ZenoTOF 7600 (SCIEX) która posiada 2 komory kolizyjne: CID i EAD. Umożliwia to  rozróżnienie nawet trudnych do identyfikacji aminokwasów, takich jak np. leucyna vs. izoleucyna. Zwiększa to czułość, dokładność oraz specyficzność analizy, co jest kluczowe w zaawansowanych badaniach naukowych i przemysłowych.

Zakres oferty:

✅ Identyfikacja białek – analiza jakościowa

• Przygotowanie próbki: denaturacja, redukcja, alkilacja, trawienie enzymatyczne

• Dopasowanie danych MS/MS do sekwencji teoretycznych z baz danych (PEAKS Studio, DIA-NN, Skyline)

• Detekcja modyfikacji potranslacyjnych (PTM): fosforylacja, oksydacja, acetylacja, deamidacja i wielu innych

• Detekcja mutacji – warianty sekwencji

• Ocena sequence coverage (pokrycia sekwencji białkowej)

• Obliczanie wartości Score i FDR określającej pewność identyfikacji

✅ Analiza porównawcza białek

• Określenie składu mieszaniny białkowej

• Porównanie prób w celu oceny różnic w ekspresji białek

• Wykorzystanie strategii akwizycji: DDA (IDA), DIA (SWATH)

✅ Rodzaje analizowanych próbek

• Próbki z roztworu

• Próbki z żelu

• Próbki z liofilizatu

• Złożone matryce biologiczne wraz z przygotowaniem prób (po wcześniejszym ustaleniu)

• inne rodzaje próbek dostarczonych przez klienta